Несмотря на огромные финансовые вливания (например, в 2016 году Минпромторг выдал субсидию в 1,24 млрд рублей на освоение 300-миллиметровых полупроводниковых пластин), предприятие ни разу не вышло на прибыль. С 2017 по 2024 годы компания генерировала ежегодные убытки, исчисляемые сотнями миллионов рублей. Даже полный выкуп доли у французских партнеров (CrocusTechnology) в 2020 году не спас ситуацию — к тому моменту технологическое оборудование уже пришлось продать и взять в обратную аренду, чтобы покрыть кассовые разрывы.

Финансовый крах сопровождается громким судебным процессом. Осенью 2025 года Генпрокуратура завершила расследование уголовного дела в отношении экс-гендиректора компании Андрея Кушнарева и бывшего топ-менеджера «Роснано» Юрия Удальцова. По версии следствия, руководство совершило растрату более 7,5 млрд рублей, выделенных на развитие проекта MRAM.