В результате команда миссии начала рассматривать альтернативные варианты запуска. Наиболее предпочтительным стал старт на ракете Ariane 64 в качестве попутной нагрузки вместе с коммерческим спутником связи, выводимым на геостационарную орбиту После отделения коммерческого аппарата верхняя ступень Ariane направит Comet Interceptor к точке Лагранжа L1 системы Земля – Солнце, откуда космический аппарат затем переместится в точку L2. Новый план запуска был одобрен Комитетом по научным программам ESA ещё в декабре. В настоящее время агентство совместно с Arianespace прорабатывает возможность старта в интервале с августа 2028 года по июль 2029 года.

Особенность Comet Interceptor заключается в том, что цель миссии может быть определена только после запуска. Аппарат проведёт в точке L2 системы Земля–Солнце до нескольких лет, ожидая появления подходящей кометы. Основной целью миссии остаётся пролёт мимо долгопериодической кометы, прибывающей из окраин Солнечной системы.

Помимо основного космического аппарата, Comet Interceptor развернёт два меньших зонда, предоставленных Японским агентством аэрокосмических исследований JAXA. Они позволят проводить наблюдения во время пролёта на относительных скоростях до 70 километров в секунду. В качестве альтернативы комете рассматривается и межзвёздный объект, подобный 3I/ATLAS, однако, по его словам, вероятность обнаружить такой объект в пределах срока службы миссии остаётся «относительно невысокой». Если же подходящая долгопериодическая комета не будет найдена, то аппарат нацелится на короткопериодическую комету, которая уже неоднократно проходила через внутренние области Солнечной системы.

Альтернативный вариант запуска имеет и важное техническое преимущество. Доступное для Comet Interceptor изменение скорости, необходимое для перехвата кометы, увеличится примерно с 600 до 1000 метров в секунду. Это связано с большей допустимой массой космического аппарата в новой конфигурации запуска, что позволяет взять на борт больше топлива. Это, в свою очередь, заметно повышает шансы на успешную встречу с долгопериодической кометой. По оценке Кюпперса, вероятность не найти подходящую цель в течение шестилетней миссии снизится примерно с 20% до менее чем 10%.