В руководстве систематически описаны «ошибки», что позволит будущим специалистам по синтетической биологии избежать повторения тех же сценариев. Небольшие ДНК-водяные знаки, предназначенные для того, чтобы быть незаметными, иногда неожиданно нарушали функции генов. Некоторые гены, считавшиеся несущественными, вызывали значительные проблемы с ростом при их удалении. Дрожжи не могут восстанавливать митохондриальные геномы с нуля, поэтому любое повреждение требовало генетической «спасательной операции», в ходе которой учёные выявляли и устраняли проблему, а затем повторно вводили здоровые митохондрии путём тщательного разведения.

Участники проекта разработали и использовали инструменты отладки, такие как Pooled PCRtag Mapping, — метод, позволяющий одновременно выявлять генетические изменения, вызывающие проблемы, в сотнях колоний дрожжей, — и CRISPR D-BUGS, — метод, сочетающий редактирование генов со стратегиями селекции.

Полученные знания уже используются в новых проектах, в частности, в проекте по созданию первого в мире синтетического хромосомного набора для сельскохозяйственных культур. Проект финансируется Великобританией и направлен на разработку технологий для создания синтетических геномов растений. Растения сложнее в генной инженерии, чем дрожжи, поэтому синтетические хромосомы растений сначала создаются в клетках дрожжей, а затем переносятся в клетки растений.