В мае 2012 года Богинский пришёл в Минпромторг, возглавив департамент авиационной промышленности. С февраля 2015 по декабрь 2016 года занимал пост заместителя министра Дениса Мантурова. С января 2017 по декабрь 2021 года руководил холдингом «Вертолеты России». В декабре 2021 года стал гендиректором корпорации «Иркут» (ныне «Яковлев») и заместителем главы Объединенной авиастроительной корпорации (ОАК) по гражданской авиации.

В Aurus он сменил Андрея Панкова, который руководил проектом с конца 2022 года.