Вторым фактором стало предпочтение альтернативной технологии – ядерно-электрического двигателя (NEP). NEP обладает значительно большей эффективностью, чем NTP, хотя и меньшей тягой. По мнению Макхенри, NEP является более оптимальным долгосрочным решением как для научных исследований, так и для задач национальной безопасности, поскольку именно энергетические возможности в космосе могут оказаться критическим фактором.

Кроме того, DARPA столкнулась с трудностями инфраструктурного характера, связанными с запуском ядерного реактора, включая наземные испытания. Риски и сложности, связанные с запуском реактора, были, по словам Макхенри, изначально недооценены. DARPA не намерена вкладывать значительные средства в улучшение инфраструктуры других государственных учреждений, предпочитая сосредоточиться на прорывных технологиях.

Примечательно, что решение DARPA о закрытии DRACO совпало с предложением NASA отказаться от собственных разработок в области ядерных двигателей. В бюджетном предложении на 2026 финансовый год все финансирование проектов NTP и NEP в космическом технологическом управлении NASA урезано. NASA обосновало это решение высокими затратами, длительным сроком разработки и отсутствием необходимости в ядерных двигателях для ближайших миссий в дальний космос, указав на наличие более доступных альтернатив для полётов на Марс.

Даже бывший кандидат на пост главы NASA Джаред Айзекман, в интервью, данном после отзыва его кандидатуры Белым домом, высказал предпочтение NEP, отмечая, что испытывать NTP чревато выбросом радиоактивных отходов на Землю, а также необходимость дозаправки жидким водородом в космосе. Национальной академии наук 2021 года, тем не менее, оценивал перспективы NTP для миссий на Марс более оптимистично, чем NEP, ссылаясь на недостаточный прогресс в ключевых подсистемах NEP. Даже для NTP, однако, потребуется «интенсивная программа», чтобы подготовить систему к пилотируемой миссии на Марс к концу 2030-х годов.