«Прогресс МС-31» везёт на МКС 2625 кг грузов, включая 1205 кг оборудования, одежды, продовольствия, медицинских и гигиенических средств, 950 кг топлива для дозаправки, 420 литров питьевой воды и 50 кг азота для поддержания атмосферы станции. На борту также находятся материалы для научных экспериментов, таких как «Биодеградация», «Виртуал», «Фуллерен», «Биополимер», «Импульс» и «Мираж».

Корабль «Прогресс МС» предназначен для снабжения МКС и корректировки её орбиты. Он доставляет топливо, научное оборудование, кислород, воду и продовольствие, обеспечивая работу станции. Запуск станет важным этапом в поддержании функционирования МКС, обеспечивая экипаж необходимыми ресурсами и материалами для исследований.