За время своего пребывания на МКС «Прогресс МС-28» выполнил важную роль в поддержании орбиты станции. С помощью его двигателей было осуществлено десять коррекций орбиты МКС. Два из этих манёвров были проведены для уклонения от опасного сближения с космическим мусором.

Завершение миссии «Прогресса МС-28» началось 25 февраля, когда в 23:17 по московскому времени корабль отстыковался от служебного модуля «Звезда» российского сегмента МКС. Спустя несколько часов, 26 февраля в 02:25 по московскому времени, были включены двигатели корабля для осуществления торможения и начала процесса схода с орбиты.

Завершение работы «Прогресса МС-28» не означает перерыва в снабжении МКС. Уже 28 февраля с космодрома Байконур планируется запуск следующего грузового корабля серии — «Прогресс МС-30». Специалисты завершили его сборку с ракетой-носителем «Союз-2.1а», и в настоящее время комплекс установлен на стартовом столе, ожидая своего часа.