В салоне автомобиля представлена центральная зона с подстаканниками, беспроводной зарядкой и USB-портами. Хотя в X3 M50 сохранилось несколько физических элементов управления, их стало значительно меньше по сравнению с предшественником.

BMW X3 M50 — не единственный роскошный кроссовер BMW с шестицилиндровым двигателем: ранее в Европе была запущена модель 40d xDrive с 3,0-литровым дизелем, однако это не замена M40d. BMW объявила, что больше не будет выпускать дизельные модели M Performance. Полноценный X3 M с бензиновым двигателем также не планируется.