Смартфон построен на базе однокристальной системы Qualcomm Snapdragon 870, он получил систему охлаждения с использованием графита. iQOO Neo6 SE оснащен встроенной большой двухэлементной батареей емкостью 4700 мА•ч, которая поддерживает быструю зарядку мощностью 80 Вт и может быть полностью заряжена до 100% за 30 минут.

Смартфон получил основную камеру разрешением 64 Мп, он поддерживает оптическую стабилизацию изображения OIS. Фронтальная камера является 16-мегапиксельной. iQOO Neo6 SE получил стереодинамики.