Steam Deck в настоящее время не поддерживает двойную загрузку, эта функция появится позже. Следовательно, пользователям придется заменить существующую SteamOS на Windows 10 и наоборот, если они захотят вернуться.

Steam Deck представляет собой портативный ПК с архитектурой x86 и поэтому поддерживает установку любой настольной операционной системы, хотя для полной функциональности по-прежнему требуется поддержка встроенных драйверов. Устройство поставляется с предустановленной SteamOS от Valve, операционной системой на базе Linux, которая использует эмулятор Proton для запуска игр Windows в магазине Steam.

Хотя SteamOS для Steam Deck имеет приличную поддержку игр при запуске, она по-прежнему не поддерживает каждую игру в магазине Steam и не поддерживает установку игр из других источников, таких как Epic Games Store или Microsoft Store. Для некоторых это является причиной установить Windows.